Líquen é a grafia correta do nome/substantivo no singular, tendo como forma plural líquenes1 (Vocabulário Ortográfico do Português, da responsabilidade do ILTEC).
O Acordo Ortográfico de 1990 regista, também, os termos líquen (pl. líquenes) como exemplos das palavras paroxítonas (ou graves) que têm acento agudo, «que apresentam na sílaba tónica/tônica as vogais abertas grafadas a, e, o e ainda i ou u e que terminam em -l, -n, -r, -x e -ps, assim como, salvo raras exceções, as respectivas formas do plural, algumas das quais passam a proparoxítonas» (ponto 2 da Base IX: Da acentuação gráfica das palavras paroxítonas).
1 Como líquen termina em -n, «forma o plural acrescentando-se -es ao singular» (Cunha e Cintra, Nova Gramática do Português Contemporâneo, Lisboa, Sá da Costa, 2002, p. 185).