Guaiuba está registada sem nenhum acento gráfico no vocabulário de Rebelo Gonçalves. É esta a grafia recomendada em Portugal.
Na norma brasileira em vigor para o Brasil, antes do Acordo de 1990 (AO), poderia ter sido Guaiúba, como era baiúca. De facto, se analisarmos a palavra segundo essa norma, verificamos que temos a vogal a, seguida do ditongo [iw], como em fugiu. Para que u seja pronunciado como vogal e não semivogal: i-u, e dado ser tónico, seria necessário o acento.
O que acontece é que o novo AO impôs para o Brasil a norma em vigor em Portugal desde 1945, a qual dispensa de acento a separação no ditongo iu, quando precedido de vogal, como era baiuca no português europeu.
Assim, presentemente, penso que deve já escrever-se Guaiuba também para o Brasil.
Peço que veja a minha resposta sobre o topónimo Coja.