Rebelo Gonçalves, no seu Vocabulário, 1966, regista Coja, sem acento, para o topónimo. Também aparece sem acento no Dicionário Etimológico de José Pedro Machado. É esta a grafia correcta, segundo as actuais e as novas normas ortográficas (respectivamente, Base XXI e Base IX).
Levanta-se sempre o problema da mudança das designações das localidades com a mudança das normas ortográficas. Não só há grafias que estão consagradas na memória da população, como é difícil mudar placas toponímicas.
Por exemplo, Pêro Pinheiro passará a ser Pero Pinheiro, como já defendi que devia ser, em Ciberdúvidas, há tempos. Ora, não será fácil agora tirar o “chapéu” ao topónimo, dispensado implicitamente no AO de 1990...
Recomendo que na escrita se usem as designações actualizadas, mas que haja tolerância nas grafias antigas registadas, como aliás aceitam sempre as normas.
Com os nomes das pessoas passa-se um caso semelhante. Por exemplo, os mais recentes Nazareth ou Victor já escrevem Nazaré e Vítor, embora com respeito pelos nomes dos seus ancestrais.