O Vocabulário Onomástico da Língua Portuguesa da Academia Brasileira de Letras regista Ipuiúna, mas trata-se de uma obra de 1999, que aguarda atualização. Porém, no contexto do acordo ortográfico de 1990, deverá escrever-se Ipuiuna, conforme a Base X, 4.º do referido normativo*. Sendo assim, é de esperar que a grafia deste topónimo seja atualizada numa próxima edição do vocabulário onomástico em apreço.
* «Prescinde-se do acento agudo nas vogais tónicas/tônicas grafadas i e u das palavras paroxítonas, quando elas estão precedidas de ditongo: baiuca, boiuno, cauila (var. cauira), cheiinho (de cheio), saiinha (de saia)»