A preposição mais utilizada com o nome conjunto é de. No entanto, tendo em conta alguns dos sentidos veiculados pelas duas preposições (de: inclusão numa classe; característica genérica; constituição: «conselho de ministros»; com: meio ou instrumento; matéria de um conteúdo: «copo com vinho»; adição ou adjunção; matéria; finalidade, objectivo), creio que ambas as frases são correctas.

Com efeito, na frase «Forma conjuntos com bolas da mesma cor», as bolas podem ser consideradas o instrumento utilizado para formar os conjuntos, ao passo que em «Forma conjuntos de bolas da mesma cor» se destaca a constituição do conjunto, ou a sua característica genérica.