Não é fácil afirmar-se qual das formas é a correta, porque está dependente da interpretação que lhe é dada. Ainda assim, no contexto que nos é dado, talvez fosse mais correto o exemplo (i):

(i) «Não se esqueçam de guardar a fatura.» = «não se esqueçam de guardar qualquer fatura que peçam/recebam/não se esqueçam de guardar cada fatura»

(ii) «Não se esqueçam de guardar as faturas.» = «não se esqueçam de guardar todas as faturas».

Há, ainda, forma de tornar mais explicita a nossa intenção, se afirmarmos «Não se esqueçam de guardar a vossa fatura». 

O exemplo (ii), em que temos faturas, no plural, pode levar a três leituras:

(1) dirigimo-nos a um grupo alertando para que não se esqueça de guardar as faturas, todas juntas, numa gaveta, por exemplo.

(2) dirigimo-nos a um grupo alertando para que cada elemento não se esqueça de guardar as faturas, assumindo que cada um tem mais que uma fatura.

(3) dirigimo-nos a um grupo alertando para que cada elemento não se esqueça de guardar a única fatura que tem, sabendo, no entanto, que há uma pluralidade de faturas na sala e, por isso, referimo-nos a elas no plural.

É por esta razão que se sugere que não se opte por «Não se esqueçam de guardar as faturas», quando se assume que cada pessoa tem uma única fatura para guardar.