Segundo o Dicionário Houaiss, a locução «à mercê de» significa:

a) «ao capricho de; ao sabor de»; ex.: «o balão voa à mercê do vento»;
b) «na total dependência de alguém ou algo; sem possibilidade de qualquer reação»; ex.: «à mercê da vontade de alguém»; «à mercê das paixões». 

Ainda de acordo com o referido dicionário, «à disposição de» quer dizer «em prontidão para ajudar ou servir; ao dispor, às ordens» (ex.: «estaremos à sua disposição, caso necessite»).

As duas expressões não são, portanto, equivalentes. Na frase «os objectos A e B estão à sua mercê» sugere-se que quem dispõe dos objectos referidos tem um comportamento caprichoso ou despótico. Na outra, «os objectos A e B estão à sua disposição», não é obrigatória tal interpretação.