Os dois enunciados propostos pelo consulente estão correctos, não se vislumbrando diferenças semânticas significativas entre eles.

Note-se que estamos perante duas orações condicionais hipotéticas — «Se não fosse por elas» e «Não fossem elas» —, sendo que, na primeira, detectamos uma «forma de subordinação adverbial», com a presença explícita da conjunção subordinativa se (Gramática da Língua Portuguesa, Maria Helena Mira Mateus e outros, p. 709). Já na segunda, é estabelecido o mesmo tipo de nexo semântico verificado na primeira, mas com o recurso a uma outra forma de expressão, isto é, a «uma construção de coordenação, em que os tempos e modos usados nas duas orações dependem [à semelhança do que acontece na primeira] da maior ou menor probabilidade da relação condição/consequência: [...] imperfeito do conjuntivo na primeira oração e [...] condicional na segunda oração (= fraca probabilidade): Trabalhasses pouco na faculdade e terias logo problemas». (op. cit., p. 710).      

Tendo em conta que, neste tipo de condicionais, os conteúdos proposicionais descritos nas primeiras partes dos enunciados (Se não fosse por elas; Não fossem elas; Trabalhasses pouco na faculdade) evidenciam um baixo grau de probabilidade, delimitando, portanto, os conteúdos proposicionais das consequências descritas nas segundas partes das frases citadas, alguns investigadores chamam a estas formulações «condicionais improváveis». Nestes casos, verifica-se que «o verbo é usado tipicamente no imperfeito do conjuntivo na oração antecedente, e no imperfeito do indicativo ou no condicional na consequente» (Maria Helena Mira Mateus, op. cit., p. 708).