No contexto que refere, o mais adequado é «deixar cozinhar» (embora, pessoalmente, prefira «deixar cozer»…)

A expressão «deixar a cozinhar» adapta-se, a meu ver, a situações em que se coloca algo ao lume e se vai fazer outra coisa entretanto, do tipo: «Deixo os legumes a cozinhar/cozer e vou atender o telefone.»

Bom trabalho!