Na generalidade dos dicionários de referência consultados (Aurélio, Priberam, Houaiss, Infopédia), o verbo congratular surge apenas como transitivo direto (ex.: «Congratulou-o pelo êxito da missão» – Aurélio), ou como pronominal («Congratulei-me por aquela noite inesquecível» – Houaiss). Em parte alguma encontro contextualização possível para a sua ocorrência enquanto transitivo indireto, tal como surge exposto no exemplo sugerido pela prezada consulente. Assim, no enunciado em análise, o verbo deveria ser aplicado com a sua formulação pronominal: «A Escola Joaquim Domingos e o comerciante congratulam-se com o progresso da cidade», ou, se o contexto assim o permitir, como transitivo direto: «A Escola Joaquim Domingos e o comerciante congratulam o progresso da cidade.»