A palavra minhoca não parece ter colectivo consagrado, uma vez que os dicionários e guias consultados (Dicionário Houaiss, Nos Garimpos da Linguagem, de Luiz Autuori e Oswaldo Proença, e Dicionário de Colectivos, das Publicações Europa-América) não facultam qualquer pista sobre a eventualidade de um substantivo dessa natureza. No entanto, sugiro que se use a palavra praga, sempre que a carga disfórica deste substantivo se justificar referencialmente.
Já formiga e mosca têm colectivos que lhes são próprios: a formiga faz-se corresponder carreiro, colónia, correição e carreiro, bem como formigame e formigueiro (Dicionário Houaiss); para mosca, temos enxame, moscaréu, moscaria, mosquedo, mosqueiro, nuvem, praga (idem).