Orlando Neves [in Dicionário de Expressões Correntes, Notícias Editorial, Lisboa] dá a seguinte explicação:

«Cair o Carmo e a Trindade. Diz-se hoje quando algo provoca grande surpresa ou confusão. Mas já teve um sentido mais funesto. O Carmo e a Trindade eram dois dos mais importantes conventos do Bairro Alto lisboeta. Ambos ruíram, aquando do terramoto de 1755, e a expressão significou o terror, o pânico e o assombro perante a tragédia.»

Mais desenvolvidamente regista Sérgio Luís de Carvalho, em Nas Bocas do Mundo Uma Viagem pelas Histórias das Expressões Portuguesas (ed. Planeta, Lisboa):

«Cair o Carmo e a Trindade. Esta expressão designa uma situação, de surpresa ou descalabro. Historicamente, o Carmo e a Trindade eram as duas áreas que constituíam a antiga freguesia lisboeta do Sacramento. Trata-se de uma das mais antigas e históricas freguesias  de Lisboa, onde se situavam os dois conventos dessas mesmas invocações. Um convento seria carmelita (o Carmo)e outro trinitáriio (a Trindade), é bom de ver. A expressão remete para o sismo de 1755, já que a zona da freguesia foi das mais prejudicadas, tendo esses conventos sido derribados, para grande desgosto dos lisboetas. Caíra o Carmo e a Trindade. O antigo convento do Carmo (o actual Museu Nacional de Arqueologia) ainda hoje está meio destruído.

Guilherme Augusto Simões, no seu Dicionário de Expressões Populares Portuguesas (ed. Perspectivas & Realidades, Lisboa), não explicitando  a origem de «Cair o Carmo e a Trindade» dá-lhe porém o sentido hoje mais comum do termo:

«Diz-se, por ironia, quando se receiam consequências graves de causas sem importância.»