Segundo o Dicionário Houaiss, são locuções que podem ser sinónimas quando significam «no próprio local».
No entanto, in situ tem outras aceções, não atribuíveis a in loco: «(anatomia geral) que está em seu lugar natural ou normal (diz-se de estrutura ou órgão); (oncologia) que permanece confinado ao local de origem, sem invadir os tecidos vizinhos (diz-se de tumor)».