Quando se diz que se podem fazer transcrições seguindo a grafia dos documentos anteriores ao AO 90, desde que se assinale (em observação, nota de rodapé ou com asterisco) que foi aí respeitada a grafia do texto original, isso não significa (muito pelo contrário!) que não se possa atualizar a grafia do mesmo documento. Aliás, a tendência é precisamente essa, até que haja novas edições em que esteja aplicado o atual acordo ortográfico.
No entanto, como se vive um tempo de transição, sempre que se transcreve qualquer texto mais antigo, aconselha-se que se indique que grafia se está a utilizar (a original ou a atual), para se evitarem possíveis equívocos, sobretudo no espaço escolar.