Acontece por vezes a conjunção coordenativa copulativa e assumir outros valores, ainda que de forma esbatida. Poderíamos substituir na frase, sem perda de significado, o e por mas:

«Desaparece o sacristão, mas torna alguns segundos depois, acompanhando o padre.»

Nesta situação, a vírgula já se justifica, pois ajuda a marcar a oposição entre as duas orações («Desaparece o sacristão,»/«e torna alguns segundos depois»), que não deixa de existir quando se emprega a conjunção e. O autor realça, pois, esse contraste através da vírgula.