Na verdade, e como é reconhecido na pergunta, o verbo preferir rege a preposição a e não a construção «do que» (ex. «prefiro chocolate a fruta» e não «*prefiro chocolate do que fruta»). Isto significa que uma frase como «*prefiro lidar com as rochas e o ferro do que com a obstinação do carcereiro» está mal formada.
Já a frase «Prefiro lidar com as rochas e o ferro a com a obstinação do carcereiro» parece um tanto estranha na medida em que a elipse ou o apagamento do segundo infinitivo provoca a contiguidade de duas preposições que regem núcleos diferentes e são sele{#c|}cionadas por verbos distintos: a preposição a, que depende do verbo principal preferir, e a preposição com, que depende do infinitivo lidar que não se encontra explicitamente representado. Note-se que, neste exemplo, o que é sele{#c|}cionado pelo verbo preferir não são sintagmas nominais mas orações infinitivas. Nesse sentido, se o verbo do segundo termo de comparação desaparece, o significado da frase torna-se mais difícil de compreender, na medida em que o regente da preposição com (isto é, lidar) não se encontra representado. Assim, a forma mais corre{#c|}ta para esta frase seria «Prefiro lidar com as rochas e o ferro a lidar com a obstinação do carcereiro».