A opção mais correta será «estou à porta de sua casa», uma vez que subentendemos que alguém se encontra à frente da porta de casa de outra pessoa.

«Estar em» subentende que nos encontramos dentro dum determinado espaço («estou na sala de aula») que a porta não oferece, por ser um objeto de superfície plana, que não comporta em si nada. No entanto, em Português do Brasil parece muito comum ouvir-se a expressão «estou na porta de sua casa» com o mesmo sentido de «estar à porta», o que nos leva a considerá-la acertada. De algum modo à semelhança deste uso, também ocorre a expressão «vou no cinema» em detrimento de «vou ao cinema», concluindo-se assim que a preposição em pode também remeter-nos para a proximidade de um espaço. 

A respeito do caso em questão, encontramos a expressão «estar na porta» atestada em diversos autores, nomeadamente José Lins do Rego, em Fogo Morto («Via o pé de pitombeira crescer na vista, e ele não estava na porta como era seu costume» in Corpus do Português), ou em Artur Azevedo, em Uma Véspera de Reis («Depressa! Sinhô velho já deve estar na porta...», ibidem).