Não encontrei fontes que dêem conta dos factos históricos que estão na génese da expressão. No entanto, tendo em conta que a expressão significa «fugir», «bater em retirada», «dar no pé» (cf. Dicionário Aberto de Calão e Expressões Idiomáticas), podemos ver nela um modo figurado de transmitir este mesmo conteúdo: peneirar significa, entre outras acepções, «bambolear», «sacudir o corpo»; fraque é a designação de uma peça de vestuário que tem longas abas e que se usa só em certas cerimónias. Sendo assim, «peneirar o fraque» é a imagem de alguém que, apesar de envergar um traje formal, perde a compostura que seria de esperar e expõe-se ao ridículo, quando, ao fugir, não consegue impedir que as abas do fraque se agitem no ar.