O Acordo Ortográfico não interfere com a grafia deste topónimo. Assim, dependendo da variante, ambas as formas estão correctas; Moscou é a forma usada no Brasil, enquanto Moscovo é usada nos restantes países de língua portuguesa.

Apesar de a forma Moscou ser semelhante à palavra inglesa Moscow, não é essa a sua origem. É verdade que a palavra Moscovo é a que mais se assemelha foneticamente ao russo [maskvá], mas o topónimo em questão não entrou no português pelo russo, entrou, sim, pelo francês Moscou. Outrora, era essa a forma usada em Portugal, que evoluiu para Moscovo, mas que se manteve no Brasil.

Caso pretenda desenvolver a questão da padronização dos topónimos no Acordo Ortográfico de 1990, aconselhamos a pesquisa desse tema no Portal da Língua Portuguesa.