Sobre a origem deste topónimo do Rio do Grande do Sul não temos informação segura. O mais que encontramos é uma etimologia popular, sem valor científico (ver esta página):
«Contam os antigos que o nome "Morungava" tem origem num índio chamado "ungaba" ou "ungava" que habitava no morro local. Quem se referia ao índio e [à] sua morada dizia "o morro do ungava" e, daí, Morungava. [...]»
Convém assinalar que existe um topónimo brasileiro muito parecido, Morungaba, nome de um município no estado de S. Paulo, sobre o qual um artigo da Wikipédia diz ter origem numa expressão em tupi-guarani, com o significado de «colmeia de morungas, abelhas produtoras de dulcíssimo mel». Não pude confirmar esta etimologia, que me parece duvidosa, porque não encontro registo dicionarístico da forma "morunga".
Mesmo assim, penso que Morungava tem boas hipóteses de ter a mesma etimologia que Morungaba, porque a permuta entre as consoantes [v] e [b] não é fenómeno raro em português, que terá interferido na transmissão destes topónimos. Importa, por isso, referir Silveira Bueno1, que, no Vocabulário Tupi-Guarani-Português (São Paulo, Éfeta, 1998) regista como substantivo comum masculino a forma morungava, assim definida: «O marco, a balisa [sic], o sinal de limites entre duas herdades. De môrangaba, fazer, colocar sinal. Ribeirão.» (Nesta definição, «ribeirão» não é uma aceção, mas, sim, a indicação de que o substantivo é também nome de um ribeirão.) Na mesma obra, na secção dedicada à toponímia, Silveira Bueno regista Morungava, que tem a forma paralela Morungaba, como substantivo masculino que designa «Ribeirão [de] S. Paulo, o mesmo que porangaba, beleza [...]». Acrescente-se que a forma Porangaba está realmente registada no dicionário em referência, como cidade de S. Paulo que significa «beleza». Além disso, o artigo da Wikipédia sobre Porangaba refere que este nome deriva de porang, «bonito», e aba, «lugar». O Curso de Tupi Antigo, disponível na Internet, confirma que porang significa «belo, bonito» e -aba é «sufixo substantivador, podendo também significar “lugar”». A hipótese da relação do par Morungava/Morungaba com Porangaba apresenta a dificuldade de não ter apoio em fontes que documentem uma alternância vocálica [u]/[a] em nomes provenientes do tupi-guarani e a eventual permuta de [p] em [m], que não é impossível, se supusermos que o [p] era ou passou a ser vozeado e depois ou simultaneamente adquiriu o traço de nasalidade que entra na caracterização de [m]. Deixo este apontamento como mera conjetura, enquanto aguardo nova ocasião para rever ou confirmar a minha hipótese.
1 Consultei também o Dicionário Histórico das Palavras Portuguesas de Origem Tupi (S. Paulo, Melhoramentos, 1982) Antônio Geraldo da Cunha, que, no entanto, não regista elementos que possam esclarecer a origem deste topónimo.