Análise sintáctica
«(...) e foi isso o que lhe viu na fisionomia.»
Oração coordenada copulativa
e – conjunção
isso – sujeito
foi o que (...) – predicado
foi – verbo
«o que lhe viu na fisionomia» – predicativo do sujeito

Oração relativa
ele – sujeito
viu – predicado constituído pelo verbo ver, que é transitivo directo
que – complemento directo e pronome relativo referente ao pronome demonstrativo invariável o, que é o seu antecedente.
lhe (dele) – pronome pessoal oblíquo com função de complemento determinativo
na fisionomia – complemento circunstancial de lugar

Por outras palavras: «o médico viu isso (o paciente estava realmente mal) na fisionomia dele».