No sentido de «chegar ao fim» ou «terminar», a melhor frase é a primeira, em que acabar é usado como verbo transitivo direto, isto é, como verbo que é seguido de um complemento direto: «Finalmente, acabarei as minhas aulas.»

O emprego de acabar com a preposição com a reger uma expressão nominal («acabar com alguém/alguma coisa») adquire uma conotação mais drástica, sugerindo que a ação assim referida tem intenção agressiva ou está revestida de certo espírito de confrontação, sendo por isso o verbo interpretado como «abolir», «destruir, matar» (cf. Dicionário Houaiss; exemplos de Énio ramalho, Dicionário Estrutural, Estilístico e Sintático da Língua Portuguesa, Porto, Livraria Chardron e Lello e Irmão, 1985):

(1) «Afirmou que ia acabar com a indisciplina que reinava na escola» («terminar», «fazer desaparecer definitivamente»).

(2) «O marquês de Pombal acabou com a distinção cristãos-velhos e cristãos-novos» («abolir»).

(3) «Tudo isto vai acabar comigo» («destruir, matar»).