A diferença fundamental é que bem é um advérbio, e bom, um adjectivo, o que faz com que desempenhem diferentes funções e, por conseguinte, apareçam em posições diferentes na frase. Bem é um advérbio e desempenha, sobretudo, a função sintáctica de modificador de grupos verbais ou grupos adjectivais. Bom é um adjectivo qualificativo — exprime um atributo do nome. Assim, o tipo de frases em que se pode usar bem e bom juntamente com o verbo estar é diferente. Nessas situações o verbo estar só pode ser usado como verbo predicativo (ou de ligação). Podemos ter, por exemplo:

1. «O bolo está bom», mas não «O bolo está bem».

2. «O bolo está bem feito», mas não «O bolo está bom feito».

Praticamente, a única situação em que existe paralelismo semântico e estrutural entre estas duas construções é quando são usadas para dizer que alguém está em boas condições (de saúde, físicas, mentais), em frases como:

«O João está bem.»
«O João está bom»,

que poderiam ser a resposta à pergunta «Como está o João?».