A pergunta tem a graça de poder julgar-se que um esqueleto é sexuado, uma vez que constitui os restos mortais de alguém. E é verdade que se diz que um esqueleto é «(do sexo) feminino» ou «(do sexo) masculino», quando se quer dizer que é «de mulher» ou «de homem». A palavra em causa é, pois, um nome inanimado especial, que se liga aos seres sexuados e humanos.

Assim, considero que esqueleto é um daqueles casos de fronteira. Tanto podemos considerá-lo inerentemente masculino na língua portuguesa, como atribuir-lhe uma especificação (feminino/masculino), aproximando-o de outros nomes sobrecomuns, como pessoa, que pode ser «do sexo masculino» ou do «sexo feminino».