O intuito de indicar a classe de palavras das formas verbais na frase («vem sentar-se») foi o de justificar a classificação dessa sequência de verbos como complexo verbal. A TLEBS atribui um subdomínio às classes de palavras, as quais correspondem a categorias morfossintácticas. Por vezes, é necessário identificar a classe de uma unidade lexical que ocorra em frase para podermos explicar a sua compatibilidade com as palavras que preenchem os restantes constituintes.
Ao atribuir subdomínios diferentes à sintaxe e às classes de palavras, a TLEBS deixa supor que se trata de níveis de descrição diferentes. Deste modo, considero que a análise sintáctica apresentada na pergunta está correcta, embora pudesse incluir ainda as categorias de grupo verbal e complexo verbal, que são também categorias no subdomínio da sintaxe. Caso seja ainda necessário explicar a relação das formas verbais no complexo verbal («vem» como verbo auxiliar e «sentar-se» como verbo principal), convém então recorrer à descrição das classes de palavras.
É de notar ainda que, na nova terminologia, esta classificação não é do âmbito da morfologia (na TLEBS, esta é o subdomínio relativo à formação de palavras). Deste modo, quando falamos de nome, estamos na verdade a pressupor uma classe morfossintáctica que tem um certo comportamento na frase, o qual pode, em parte, ser previsto através dos seus elementos morfológicos.
Assim, no contexto pedagógico, é possível separar a descrição sintáctica e a descrição morfossintáctica (ou seja, em classes de palavras). Não obstante, reconheço que inevitavelmente o professor e o aluno serão confrontados com a necessidade de associar (ou, se quisermos, de “misturar”) os dois níveis descritivos para justificar certas análises de frase.