Esta palavra não está registada nos dicionários porque ainda não se tornou corrente na língua portuguesa. O uso determinará a sua inclusão caso se torne útil e funcional.
Neste caso, o prefixo des terá leitura independente de seleccionar. Não será problema visto que há casos semelhantes na língua portuguesa como dessalgar, dessaibrar, dessangrar, dessensibilizar, etc. Nestas ocorrências, o s tem leituras distintas, pois pertence a sílabas diferentes.
Além disso, estas formas ortográficas estão de acordo com as regras da translineação que determinam a separação do s dobrado.
Em vez do verbo desseleccionar poder-se-ia talvez usar, neste contexto, desmarcar, que nos parece prático e expressivo.