O Dicionário da Língua Portuguesa Contemporânea (2001), da Academia das Ciências de Lisboa, regista a expressão «ver uma luz ao fundo do túnel» para designar «começar a vislumbrar alguma esperança, alguma possibilidade de êxito, de resolução para um assunto melindroso».

Portanto, parece ser essa — com a preposição a — a forma atestada.

Nota: Repare-se que a expressão «ao fundo», à semelhança do que acontece com «ao longe», está associada à ideia de distância visual a nível do horizonte, ao passo que «no fundo» parece remeter para o campo da profundidade, no sentido de cima para baixo. Por exemplo:

«Vejo o castanheiro lá ao fundo da quinta.»

«Só há água mesmo no fundo do poço.»