Em português de Portugal, e conforme a norma culta, vacina pronuncia-se com os aa fechados, como em para, por exemplo.  Vacinar também tem a primeira sílaba com o a fechado. 

Cf. Que têm as vacinas que ver com as vacas? + O Dia V, palavras com o ditongo ui + vacina(r), o feminino de árbitro, a Lua como metáfora e as «Festas Nicolinas» +  a justificação da variante com a aberto átono por Hélio J. S. Alves no jornal Público em 08/10/2015.