O correcto é ter pena de que. Vejamos a seguinte frase:

a) Tenho pena de que não venhas cá.

A expressão ter pena exige a preposição de:

b) Tenho pena de ti /dos pobres, do Raul.

Na frase b), o objecto (ou objectivo) do sentimento expresso por «tenho pena» são seres humanos. Esse objecto é indicado, isto é, apontado pela preposição de.

Na frase a), temos igualmente o objecto (ou objectivo) do mesmo sentimento. Esse objecto é, igualmente, apontado pela preposição de. Daqui se conclui que inteiramente correcto é «Tenho pena de que».

Aceita-se o dizer-se «tenho pena que», porque se subentende a preposição de. Note-se, porém: subentende-se, mas não se elimina.