O Dicionário Unesp da Língua Portuguesa (coord. Francisco Borba Silva, São Paulo, Editora Unesp, 2004) atribui quatro acepções a ciliar (itálico do original a negro):

«1 dos cílios [pêlo que guarnece certos órgãos]. 2 dos cílios [saliência semelhante a um pêlo e que serve de órgão de locomoção aos protozoários]. 3 que margeia rios e lagos: matas ciliares. 4 das margens dos rios ou dos lagos: reflorestamento ciliar

O contexto em causa é o do próprio exemplo da terceira acepção, pelo que ciliar significa «que margeia rios e lagos».

Quanto à «recuperação de rios nas microbacias», fiquei sem perceber qual o termo que se pretendia ver esclarecido. Supondo que é microbacia, julgo que terá o significado de «pequena depressão de terreno» (ver bacia, «depressão de terreno cercada de montes ou colinas», no Dicionário Houaiss da Língua Portuguesa).