Ambas as expressões são correctas/corretas e bastante utilizadas. Por favor é uma forma fixa, talvez por isso sentida por alguns como mais neutra, mais impessoal. Se faz favor pode surgir com o verbo no presente ou com algumas variações que indicam por um lado, maior delicadeza, por outro, maior distanciamento:

Se fazia favor;
Se fizer favor;
Se fizesse favor;
Fazia favor.

De todas as possibilidades as mais usuais são por favor e se faz favor, dependendo a escolha da opção do falante, embora haja opiniões (não consensuais, note-se) que atribuem a se faz favor uma maior formalidade.