Os dicionários consultados consideram estes dois termos sinónimos. Rotura e ruptura vêm do latim «ruptura-», significando «acto ou efeito de romper; interrupção; corte; rompimento; fractura; violação de contrato ou acordo; etc.»
No entanto, parece-me que o uso das duas palavras difere consoante os contextos. Rotura é mais utilizada nos casos em que se dá um rompimento físico: rotura de ligamentos, rotura na canalização, rotura nas tubagens, etc. Ruptura usa-se, essencialmente, nas relações humanas: ruptura nas negociações, ruptura no governo, ruptura na direcção do partido, ruptura no matrimónio, etc. No Brasil, apesar de existirem os dois termos, utiliza-se predominantemente ruptura.
N.E. (23/12/2019) – Em Portugal, a grafia ruptura passa a rutura por aplicação do Acordo Ortográfico de 1990 (cf. Portal da Língua Portuguesa). No Brasil, o Vocabulário Ortográfico da Língua Portuguesa da Academia Brasileira de Letras e os dicionários só registam a grafia ruptura. Quanto a rotura, trata-se de forma divergente que não sofreu nenhuma alteração, encontrando registo na generalidade dos vocabulários ortográficos e nos dicionários de português.