Nem uma coisa nem outra...
A expressão latina pro tempore (sem hífen!) tinha nos clássicos a acepção de «consoante as circunstâncias». Para expressar esta mesma acepção, serviam-se igualmente da expressão ad tempus, a qual, no entanto, também significava «provisoriamente». Por exemplo, um «dux ad tempus lectus» era um governador eleito provisoriamente, ou seja, o que chamaríamos hoje um governador interino. É natural que, com o tempo, a expressão pro tempore se confundisse com a anterior e passasse a designar igualmente a interinidade de um cargo ou de um funcionário.
Assim se justifica que, actualmente, na literatura anglo-saxónica e não só, se fale, por exemplo, em presidente pro tempore e presidência pro tempore. Temos duas opções: ou mantemos a expressão latina (sem hífen!), ou apresentamos a sua lídima tradução em vernáculo, o que reputo preferível: «presidente interino» e «presidência interina». Já o aportuguesamento “pró-témpore” ou “pró-têmpore” me parece desnecessário ou mesmo descabido, isto para não falar de “pró-tempore”, que nem sequer respeita a prosódia latina. Se optarmos por manter a expressão latina, devemos obviamente escrevê-la em itálico, quer se trate ou não de texto científico.