Globalmente, a análise que a consulente faz está correta. Há duas regências diferentes (que na elocução que reporta parecem estar fundidas):
«Pedimos a compreensão para o facto de termos tido uma avaria no sistema hidráulico»
ou
«Pedimos desculpa pelos inconvenientes causados».
Portanto, a construção «pedir a compreensão pelos inconvenientes » não está correta.