Infelizmente, não consegui obter informações mais acuradas sobre a história de Taubaté. É normal que o santo padroeiro adoptado por uma cidade seja o do dia da sua fundação, mas esta não é uma regra. A escolha de um santo padroeiro constitui um acto arbitrário da vontade da pessoa ou grupo que o escolhe – que poderá nem ser o fundador da cidade. Pode ter sido o santo de devoção do fundador ou do indivíduo que escolheu o padroeiro, pode ter ocorrido que alguns dos membros que fizeram a escolha tenham sido membros de uma confraria dedicada a São Francisco das Chagas ou mesmo que tenha sido uma escolha realizada anos ou séculos depois da fundação da cidade.