Infectar quer dizer «transmitir doença a; contagiar; contaminar; tornar infecto», enquanto infeccionar significa «originar uma infecção em; inficionar; contaminar; corromper; viciar» [in Dicionário da Língua Portuguesa 2008, da Porto Editora].

O Dicionário Eletrônico Houaiss considera infeccionar sinónimo/variante de infectar.
Assim, ambos os termos são correctos, embora a maioria dos falantes use, geralmente, o verbo infectar.