A grafia das palavras decorre normalmente da sua etimologia, mas também de mera convenção ortográfica. Assim, nem sempre é possível estabelecer regras.
No entanto, vou referir-lhe algumas a respeito do emprego de s, ss, c ou ç, todos com valor de /s/.
1. Utiliza-se s:
a) no início da maior parte das palavras, antes de qualquer vogal: sarar, seguir, singrar, sopro, surdez;
b) com o sufixo de naturalidade -ense: ateniense, portuense;
c) em palavras formadas com os prefixos ab- ou abs-, que significam afastamento, separação: absentismo, absolutismo, absolver, absorto, absorver. Excepções: abcesso (< abscessu-), abcissa (< abscissa-);
d) em palavras formadas com o prefixo ob-: observar e derivados, obsessão, obsoleto. Excepção: obcecar e derivados.
2. Utiliza-se ss:
a) apenas entre vogais: abcesso, abcissa, abissal, antepassado, bissectriz, disse, fissura, massa, posso;
b) no sufixo feminino -essa: abadessa, condessa;
c) na terminação -íssimo(a) do superlativo absoluto sintético: belíssimo, caríssimo;
d) em palavras derivadas ou compostas, formadas a partir de palavra que tinha s no início, passando depois a intervocálico: antessala (de sala), cromossoma (de soma), dezassete (de dez e sete), girassol (de sol), minissaia (de saia), prosseguir (de seguir), sobressalto (de salto);
e) sempre em interior de palavra, nunca no início.
3. Utiliza-se c (antes de e ou i):
a) no sufixo -áceo (relativo a, semelhante): farináceo, galináceo;
b) nos sufixos -ância e -ência (acção, resultado da acção, estado): abundância, constância, concorrência, paciência;
c) nos sufixos -ice, -ícia e -ície (qualidade, estado, tendência para): palermice, tolice, malícia, imundície;
d) no sufixo -ício (referência, matéria): alimentício, fictício, natalício;
e) nas terminações nominais e adjectivais em -cia e -cio: carícia, macia, anúncio, sócio;
f) na terminação verbal -ciar: distanciar, pronunciar, silenciar;
g) na terminação verbal -cer: abastecer, anoitecer, crescer, oferecer;
h) depois do som s: ascendente, florescer, nascer;
i) normalmente após n que nasala a vogal i ou u: lince, incidente, pincel, pronúncia, pronunciar;
j) em algumas palavras de origem árabe: alicerce (< al-içeç); alcácer (< al-caçr).
4. Utiliza-se ç (antes de a, o ou u):
a) nos sufixos -aça, -aço, -uça (abundância, intensidade, aumento, grandeza): arruaça, barbaça, barcaça, melaço, mulheraça, ricaço, dentuça;
b) no sufixo verbal -açar (repetição ou realização frequente): espicaçar, escorraçar, esvoaçar, adelgaçar;
c) nos sufixos -ança e -ença (acção, estado): mudança, lembrança, vingança, crença, diferença, sentença;
d) no sufixo -ção (acção ou o resultado dela), depois de a, duas vogais em hiato ou ditongo: comunicação, criação, difamação, dissertação, exclamação, fundação; insolação, interrogação, nomeação, ovação, provocação, sensação, cessação, atribuição, fruição, Conceição insurreição, traição;
e) nos sufixos -íça e -iço (acção, estado, qualidade, tendência para): justiça, preguiça, movediço, quebradiço;
f) normalmente após n que nasala a vogal i ou u: extinção, função, pinça, junção, punção;g) depois de c ou p, articulados ou não: atracção, acepção, correcção, concepção, ficção, erupção, recepção;
h) na grafia do Brasil, nas palavras que perderam essas consoantes não articuladas: ação, seção;
i) em algumas palavras de origem árabe: alcáçoca (< al-caçba); açafate (< ac-çafat); açafrão (az-zaferan);
j) sempre em interior de palavra, nunca no início.
Como reparou, as regras não dão resposta a todas as dúvidas. Esta é uma das situações em que as ocorrências são muito diversificadas, constituindo uma ajuda o conhecimento do étimo da palavra. Também poderá relacionar os vocábulos com outros da mesma família seus conhecidos. Finalmente, em caso de dúvida, há sempre o recurso à consulta dos dicionários, dos vocabulários e dos prontuários. Estes contêm essas palavras organizadas em listas consoante a grafia, o que facilita a memorização.
A leitura continuada, até o olhar se familiarizar com a grafia das palavras e a interiorizar sem custo é o caminho aconselhável para quem quer dominar a ortografia.