Tratando-se de um prefixo, inter não deve ser usado autonomamente, mas antes ligado ao radical que modifica, com ou sem hífen, conforme o primeiro grafema desse radical.

No caso concreto da «avaliação entre pares», parece-me que será mais legítimo usar o neologismo “interpares” do que escrever separadamente «inter pares».

Existe, de facto, a locução latina «primus inter pares», mas o seu significado («o primeiro entre iguais») não se aplica aos casos em que se fala, por exemplo, da avaliação de funcionários por parte dos seus colegas (avaliação entre pares).