Dos dicionários recentes disponíveis, consultei dois brasileiros, o Dicionário Houaiss da Língua Portuguesa (2001) e o Dicionário UNESP da Língua Portuguesa (2004), organizado por Francisco S. Borba, e um português, o Dicionário da Língua Portuguesa Contemporânea (2001), da Academia das Ciências de Lisboa. Estoniano parece ser a forma brasileira, porque é a que tem entrada nos dicionários brasileiros, que não registam estónio. O dicionário português regista estoniano, estónico e estónio, formas que são todas elas quer nominais quer adjectivais. Note-se, porém, que as entradas de estoniano e estónico remetem para estónio, com três entradas: uma para o adjectivo que se refere ao «que é da Estónia»; outra para o nome que designa o «natural da Estónia»; e uma terceira, com a acepção de «língua da família fínica falada na Estónia». Esta remissão deixa supor que estónio é a forma que tem primazia, embora não se reconheça a sua coexistência com outras formas.
No entanto, se consultarmos um guia recente – Edite Estrela et alii, 2004, Saber Escrever, Saber Falar, Lisboa, Edições D. Quixote, pág. 225) – o que vemos é que o gentílico correspondente a Estónia é estónio. E se recuarmos um pouco mais no tempo (José Pedro Machado, Grande Dicionário da Língua Portuguesa e o Lello Universal. Dicionário Enciclopédico Luso-Brasileiro), verifica-se que a única forma registada [nome e adjectivo] é estónio. Posso, pois, dizer que estónio tem sido a forma mais utilizada em Portugal. O uso do Banco de Portugal é, por conseguinte, minoritário no contexto português, estando aparentemente mais de acordo com a norma brasileira.