Pode dizer das duas maneiras, que correspondem a perspectivas próximas mas diferentes:

a) «o preço do metro quadrado» = o preço que tem um metro quadrado;

b) «o preço por metro quadrado» = o preço que se distribui por cada metro quadrado.

Em a), «do metro quadrado» estabelece a simples relação entre um valor e uma unidade (o metro quadrado), induzindo uma interpretação locativa ou possessiva. Em b), «por metro quadrado» deixa implícita a operação de multiplicação de um valor por um conjunto de unidades, permitindo uma leitura distributiva.