Julgo que o ponto no i minúsculo (porque o maiúsculo nunca o deve levar: I) se deve a uma maior clareza na letra manuscrita, pois as pernas dos nn e dos mm, bem como os uu, poderiam confundir-se com os ii. O uso do ponto no i parece não ser anterior ao século XVII, segundo a Grande Enciclopédia Portuguesa e Brasileira. Só por curiosidade, há línguas (o turco) em que existem ambos, tanto maiúsculos, como minúsculos, mas com valores diferentes: com ponto soam de i, sem ele aproximadamente como o nosso e mudo. No grego, como é sabido, a letra correspondente (o iota) nunca leva ponto.