1 – «O motivo é que eles estavam a preparar a barca.»
É uma frase compreensível e construída seguindo as regras da língua portuguesa.
Análise gramatical:
Sujeito – O motivo
Predicado nominal – É que eles estavam a preparar a barca
Verbo – é
Predicativo do sujeito e oração subordinada integrante – «Que eles estavam a preparar a barca.»
Conjunção integrante – que
Elementos da oração integrante
Sujeito – eles
Predicado – estavam a preparar
Complemento objecto directo – a barca
Outras frases poderiam expressar a mesma ideia. Exemplo:
O motivo é o seguinte: «eles estavam a preparar a barca.»

2 – «O assunto do diálogo é sobre a preparação da barca.»
Esta frase também é compreensível e tem a curiosidade de incluir a preposição sobre, que, frequentemente, introduz o complemento circunstancial de assunto.
Outra forma de apresentar a mesma ideia:
«Eles dialogaram sobre a preparação da barca.»