Se browser («navegador, programa de consulta da Internet»), blinker (dispositivo que emite luz intermitente») e freezer («congelador») têm género masculino em português (cf. Dicionário Houaiss da Língua Portuguesa), então poder-se-ia pensar que plotter deveria seguir o mesmo modelo. No entanto, existe camcorder, que é feminino, provavelmente porque a sua tradução em português é feita com base num nome feminino: «câmera de gravação e reprodução de imagens e sons» (idem). Este contra-exemplo, pode, pois, explicar que se use plotter no feminino, dado que corresponde a um objecto nomeado genericamente por um nome feminino, ou seja, máquina.
Mas receio que não haja consenso quanto ao género a dar a estes anglicismos. Se pegarmos no caso de scanner, «leitor óptico», verifica-se que o critério de atribuição de género não é claro, pelo menos a julgar pelos dois dicionários que consultei. O Dicionário Houaiss classifica scanner como nome feminino, para depois definir como masculino a forma aportuguesada (escâner). O Dicionário da Língua Portuguesa Contemporânea da Academia das Ciência de Lisboa indica que scanner e scâner, sua adaptação gráfica ao português, são do género masculino.
Concluindo, considero que plotter é feminino, porque é uma máquina, mas tenho a consciência de que pode haver variação de género quando não se sabe bem como qual é o termo geral português (máquina? dispositivo?) para o objecto designado pelo anglicismo.
Por último, confesso que não conheço nenhuma regra em português que defina as palavras terminadas em r como pertencentes ao género masculino. Basta referir a palavra mulher.