Nem sempre é fácil determinar quando se deve empregar mega- ou macro-.

O grego antigo, tal como o latim, tem três géneros: masculino, feminino e neutro. Os elementos do português mega- e macro- provêm de adjectivos gregos que vamos enunciar nos três géneros com os respectivos significados:

1- mégas, mégales, méga. Daqui se compreende umas vezes a presença do e outras a ausência: megalocardia, megafone.

Entre outros significados, tem os seguintes: grande, forte, alto, espaçoso, comprido.

2- macrós, macrá, macrón - comprido, alto, profundo, duradoiro, grande.

Como vemos, as diferenças de significado entre uma e outra palavra nem sempre são profundas. Por isso temos megalanto (que tem flores grandes) e macropétalo (que tem pétalas grandes).

-Mega -/ Megalo-

a) Grandes dimensões: megálito

b)Anormalmente grande. Megacolon

c)Quantidade igual a um milhão de unidades anteposto ao nome de uma unidade física: megaciclo.

d)O grande, os grandes: megalomania.

e)Muito grande: megalossauro.

f)Anormalmente grande: megalócito.

-Macro-

a)Grande, comprido: macrocéfalo.

b)Grande, de grandes dimensões: macrocosmo.

c)Aquilo que é da ordem ou de grandeza ou importância elevada: macroeconomia.

Como vemos, no elemento macro- é mais notória, pelo menos parece, a ideia de grandeza.

N.E. – Sobre os critérios de hifenização depois do Acordo Ortográfico de 1990, posterior à data desta resposta, cf. as respetivas Bases XV, XVI e XVII + o Guia para a Nova Ortografia  + Acordo Ortográfico: o que muda? E, ainda, explicação do gramático brasileiro Sérgio Nogueira em registo de vídeo, aqui.