De facto, tal como a consulente sugere, a forma mais correta para cada uma das frases é «ter matado» e «ter aceitado».
A ocorrência de tais situações é muito frequente e deve-se, decerto, ao facto de os verbos matar e aceitar integrarem os verbos abundantes ou de duplo particípio – um regular (matado, aceitado) e um irregular (morto, aceite), o que tem gerado estas imprecisões.
Segundo a regra, «a forma regular [matado, aceitado] emprega-se na constituição de tempos compostos na voz ativa, isto é, acompanhada dos auxiliares ter ou haver; a irregular [morto, aceite] usa-se, de preferência, na formação dos tempos da voz passiva, ou seja, acompanhada do auxiliar ser [e, também, estar, ficar, permanecer, parecer]» (Cunha e Cintra, Nova Gramática do Português Contemporâneo, Lisboa, Sá da Costa, 2002, p. 441).
Exemplos: «Ele pensava que tinha matado a galinha, mas ela não está morta.»
«Como ele não tinha aceitado a proposta, ela foi aceite por um colega.»