São palavras diferentes, em princípio com etimologias diferentes, muito embora a ambas se associem valores místicos.
A palavra mandala não tem maiúscula e é uma adaptação do sânscrito mandala, «círculo» e, por extensão, «linha fechada em círculo que simboliza o universo». Designa um «diagrama composto de formas geométricas concêntricas, utilizado no hinduísmo, no budismo, nas práticas psicofísicas da ioga e no tantrismo como objeto ritualístico e ponto focal para meditação [Do ponto de vista religioso, a mandala é considerada uma representação do ser humano e do universo; em sua forma menos elaborada, é denominada iantra]» (Dicionário Houaiss da Língua Portuguesa).
O termo mandorla também se escreve sem maiúscula, porque é um substantivo comum do género feminino. Tem o seguinte significado: «Elemento decorativo muito difundido seja na pintura seja na escultura, caracterizado por uma forma oval semelhante à da amêndoa, no interior da qual estão as figuras do Pai, de Cristo ou da Virgem. É símbolo de Glória e geralmente encontra-se sobre as portas ou janelas, nichos ou tabernáculos. Típico do gótico» (Dicionário de Termos Artísticos e Arquitectónicos, Lisboa, Público Comunicação Social, S. A., 2006).
Segundo o Dicionário Houaiss da Língua Portuguesa, mandorla tem origem no italiano mandorla, «amêndoa, ornato em forma de amêndoa». A palavra italiana remonta por sua vez ao latim tardio amandula, correspondente ao latim clássico amygdalum, i, «amêndoa, amendoeira».
Resta dizer que esta forma era uma adaptação do grego amugdáles, es, «amêndoa». E daqui não pude ir mais longe, porque fica por saber se o termo em sânscrito, mandala, e o que vem do grego, amugdála, têm alguma relação etimológica. É uma hipótese a verificar, mais a mais que as duas línguas pertencem à família indo-europeia.