O conjunto por que usa-se nas frases interrogativas quando o pronome que é equivalente ao pronome qual. Exemplos:

«Por que motivo não realiza ele esse desejo?»
«Por que razão não realiza ele esse desejo?»

Estas frases equivalem a:

«Por qual motivo não realiza ele esse desejo?»
«Por qual razão não realiza ele esse desejo?»

A frase «Porque não realiza ele esse desejo», em contrapartida, equivale a: «Ele não realiza esse desejo. Porquê?»
Como vemos, porque e porquê pedem imediatamente a causa, sem necessitarmos de usar as palavras motivo, razão ou equivalentes.