Ambas as frases estão correctas e em ambas entender significar «achar». A primeira frase, com o verbo no indicativo, é mais corrente que a segunda. Nesta, o uso do conjuntivo/subjuntivo introduz um matiz semântico, fazendo o verbo entender aproximar-se de querer, como em «quero que eles comam bem». Note que a negação dos verbos achar e entender favorece o emprego do conjuntivo: «Não acho/entendo que eles comam bem.»