Carreira Bom, além de ter um excelente domínio da língua, era extremamente cuidadoso nas suas respostas.
E, de facto, a atitude correta no estudo da língua, fora da arte pura, é prudentemente consultar sempre outros pareceres idóneos, antes de se emitir uma opinião que possa ser controversa.
Ora, quer o Grande Dicionário da Porto Editora, quer o Dicionário Houaiss-port. e. indicam que afeminado é equivalente a efeminado. Acontece mesmo que os dois dicionários apresentam o termo como podendo ser também substantivo (ex.: aquele que perdeu os modos viris, etc.). A diferença é que o dicionário da Porto Editora remete afeminado para efeminado, enquanto o Houaiss remete efeminado para afeminado; diferença que, afinal, só confirma a identidade de acepções.
Poderia considerar já satisfeita a sua dúvida; mas a inquietude da pergunta e a ousadia da proposta envolvem outros problemas, que não posso deixar de analisar consigo.
Comecemos por estudar a diferença etimológica entre os dois termos. Efeminado vem do latim `effeminatu-´; e, assim, digamos que é um termo vernáculo. Mas afeminado é o particípio de afeminar, composto na língua de a- + femin- + -ar, uma derivação paralela, que também é considerada vernácula (Houaiss). Concluindo, não há razão para preferirmos um termo ao outro (daí a predominância relativa diferente, nas entradas dos dicionários acima citados).
Fica agora a sua dúvida sobre a influência do elemento de formação a- em afeminado. Já tenho escrito várias vezes que não é seguro tirar conclusões na nossa comum língua a partir de raciocínios com base na lógica. Podemos esquecer ou mesmo ignorar premissas significativas, e as variáveis são frequentemente numerosas ou são o resultado de alterações aleatórias que os termos vão tendo na sua utilização pelas gerações de falantes.
No presente caso, a lógica que usou esqueceu que o elemento de formação a- nem sempre tem valor de negação (como pode ter em amoral, por exemplo); este elemento, entre outros valores, pode ser simplesmente um elemento protético (de adição, sem alterar o significado, ex.: amandar, ajuntar, etc.), pode ter o valor de afastamento (ex.: amover), pode ter o valor de aproximação (ex.: afinidade). Ora, é este último valor que, no composto de a-+ femin- + -ar, eu sinto que deve ser atribuído ao elemento a- em afeminado: por exemplo, aproximação de modos viris a feminis.

Ao seu dispor,