A segunda forma está certa, e a primeira também, embora precise de um esclarecimento.

A sequência «É possível identificar três nódulos...» é correcta, porque, neste contexto, o verbo identificar é transitivo directo («identificar três nódulos»). A oração «identificar três nódulos...» é de infinitivo não flexionado (é uma oração não-finita), e o sujeito é nulo.

Já a primeira sequência apresenta uma construção com o pronome se e o verbo no singular. Trata-se de uma construção que, apesar de criticada por certos gramáticos normativos, é consistente com a gramática do português. Trata-se do uso de se como sujeito indeterminado, interpretado como «alguém»:

1) «É possível identificar-se três nódulos... etc.» = «É possível alguém identificar três nódulos».

Esta construção tem uma alternativa cuja aceitação é consensual:

2) «É possível identificarem-se três nódulos... etc.» = «É possível serem identificados três nódulos... etc.»

Em 2), a construção em que ocorre se é equivalente à voz passiva, por isso se fala neste caso de se apassivante, porque permite reconhecer «três nódulos» simultaneamente como sujeito do verbo (verificar) e paciente da acção referida pela oração («verificar»). Quer em 1) quer em 2), a oração seleccionada por «é possível» é não-finita, mas o verbo está flexionado: em 1), concorda com se, e, em 2), com «três nódulos».